Fakturowanie w Shopify: aplikacje do faktur i KSeF

Platforma Shopify nie ma natywnej integracji z KSeF. Pozwala drukować dokumenty zamówienia i pokazać klientowi fakturę VAT w PDF, ale e-fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur wystawisz dopiero przez aplikację, program do faktur połączony ze sklepem albo integrator, np. Base (dawniej BaseLinker). Z tego artykułu dowiesz się, od kiedy KSeF dotyczy Twojego sklepu, jak wystawiać dokumenty sprzedaży w Shopify, które aplikacje wysyłają je do systemu (stan na październik 2026) i jak przejść przez wdrożenie krok po kroku.

KSeF w sklepie internetowym – terminy i limity

Krajowy System e-Faktur działa obowiązkowo od 2026 roku. Dla sklepu internetowego liczą się te daty:

• od 1 lutego 2026 r. faktury od dostawców odbierasz przez KSeF – nawet jeśli sam wystawiasz je jeszcze poza systemem;
• od 1 lutego 2026 r. faktury w KSeF wystawiają firmy, których sprzedaż w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł (z VAT);
• od 1 kwietnia 2026 r. – wszystkie pozostałe firmy;
• do 31 grudnia 2026 r. możesz wystawiać faktury poza KSeF, jeśli faktury, które musiałbyś wystawiać w systemie, nie przekraczają łącznie 10 000 zł z VAT w miesiącu. Obowiązek zaczyna się od faktury, którą przekroczysz limit, i obejmuje wszystkie kolejne. Do limitu nie wlicza się dokumentów dla konsumentów ani sprzedaży zarejestrowanej wyłącznie na kasie fiskalnej. Z tego zwolnienia skorzysta wielu mikroprzedsiębiorców;
• do 31 grudnia 2026 r. poza KSeF mogą trafiać też faktury z kas rejestrujących i paragony z NIP do 450 zł, uznawane za faktury uproszczone;
• od 1 stycznia 2027 r. KSeF obejmuje także te przypadki.

Terminy i limit 10 000 zł opisuje strona KSeF Ministerstwa Finansów.

Faktury dla konsumentów, czyli osób, które nie prowadzą firmy, nie muszą trafiać do KSeF. Możesz je tam wystawiać dobrowolnie, ale wtedy musisz przekazać klientowi fakturę w uzgodniony sposób, z kodem QR. Konsumentowi wystawiasz fakturę, gdy o nią poprosi.

Kary administracyjne za błędy w KSeF według obecnych przepisów obowiązują od 1 stycznia 2027 r. We wrześniu 2026 r. Ministerstwo Finansów zapowiedziało przesunięcie ich na 2028 r., ale do zmiany ustawy ten termin się nie zmienia. Z systemem łączysz się tokenem albo certyfikatem KSeF. Tokeny działają do 31 grudnia 2026 r., a od 2027 r. zostają tylko certyfikaty – jeśli Twoja aplikacja łączy się tokenem, zapytaj dostawcę, jak przejdzie na certyfikat.

Czy Shopify wystawia faktury VAT?

Częściowo. W panelu Shopify możesz drukować dokumenty zamówienia, a Shopify Order Printer umożliwia tworzenie własnych szablonów faktur. Centrum Pomocy Shopify opisuje też, w dziale o Shopify Tax, faktury VAT dla Unii Europejskiej i Wielkiej Brytanii: klient zobaczy taki dokument na stronie statusu zamówienia, jeśli włączysz tę funkcję, VAT zostanie naliczony (nawet 0%), a zamówienie przejdzie przez kasę Shopify. Klient może go pobrać i wydrukować. Shopify nie wysyła go automatycznie ani klientowi, ani do KSeF.

Takie dokumenty nie zastąpią faktury w KSeF, której potrzebujesz przy sprzedaży firmom. Czy przy sprzedaży wyłącznie konsumentom wystarczą Ci dokumenty z Shopify, ustal z księgową.

Jak wystawiać faktury w Shopify – trzy sposoby

W e-commerce faktura powstaje z zamówienia: narzędzie pobiera dane zamówienia (nabywcę, produkty, rabaty, stawki VAT), generuje dokument i przez API wysyła go do KSeF. Trzy sposoby różnią się tym, kto to robi:

1. Aplikacja, która sama wysyła faktury do KSeF. Działa bez osobnego programu do faktur. Faktly przygotowuje plik w formacie FA(3), wysyła go do systemu i zapisuje potwierdzenie (UPO). W App Store tak działają m.in. Faktly, Sufio i POP.
2. Aplikacja łącząca Shopify z programem do faktur. Zamówienie trafia do programu, w którym prowadzisz faktury – np. Fakturowni, inFaktu albo iFirmy – a do KSeF wysyła je ten program. To dobry wybór, jeśli Twoja księgowa już w nim pracuje.
3. Base (dawniej BaseLinker) albo system ERP. Gdy sprzedajesz w kilku kanałach – w Shopify, na Allegro, Amazonie czy Erli – faktury warto wystawiać w jednym miejscu. Base łączy zamówienia, magazyn i dokumenty z wielu kanałów w jednym panelu. Faktury wystawione w Base trafiają do KSeF od razu po utworzeniu, a w katalogu Base jest ponad 150 integracji z systemami księgowymi i ERP. Więcej piszemy w artykułach o integracji Shopify z BaseLinkerem i integracji Shopify z ERP.

Aplikacje do faktur w Shopify – porównanie

Stan na 24 października 2026 r. Ceny podajemy tak jak w Shopify App Store – w dolarach amerykańskich miesięcznie.

Którą wybrać?

• Masz już Fakturownię, inFakt albo iFirmę – wybierz integrację z nimi. Księgowa zostaje przy swoim programie, a ze sklepu przychodzą gotowe dokumenty.
• Sprzedajesz tylko w Shopify i nie chcesz osobnego programu – wybierz aplikację, która sama wysyła faktury do KSeF, i sprawdź, ile faktur obejmuje plan.
• Sprzedajesz też na marketplace'ach – wystawiaj faktury w Base, w jednym miejscu dla wszystkich kanałów. Tak działa np. integracja Shopify z Allegro.
• Masz ERP (Subiekt, enova365, Comarch ERP, Symfonia) – faktury wystawia ERP, a sklep przekazuje mu zamówienia.

Zanim zaczniesz instalować aplikację, sprawdź, czy nic innego nie wystawia już dokumentów z tych samych zamówień. Dwa narzędzia naraz to podwójne faktury i bałagan w numeracji.

NIP w kasie Shopify – jak zbierać dane do faktury

Faktura dla firmy wymaga NIP nabywcy. W standardowej kasie Shopify nie ma pola przeznaczonego na NIP, więc masz trzy możliwości:

• pole na NIP w koszyku – dodaje je aplikacja (np. Faktly, która od razu sprawdza numer) albo motyw sklepu;
• pole w samej kasie – własne pola w kroku z danymi klienta dodasz tylko na Shopify Plus;
• pole „Firma” w adresie – włączysz je w ustawieniach kasy.

Sprawdź też, skąd aplikacja bierze dane nabywcy: z adresu rozliczeniowego czy z adresu dostawy. Przy zamówieniach firmowych to częsty powód błędnych faktur.

Jak wdrożyć fakturowanie z KSeF w Shopify – krok po kroku

1. Wybierz drogę – aplikację, program do faktur, Base albo ERP – według tego, gdzie pracuje Twoja księgowość i w ilu kanałach sprzedajesz.
2. Przygotuj dostęp do KSeF. Narzędzie poprosi o token albo certyfikat KSeF; instrukcję daje jego dostawca. Pamiętaj, że tokeny działają do końca 2026 r.
3. Ustaw moment wystawienia dokumentu – po opłaceniu, po realizacji albo ręcznie – i zdecyduj, czy faktura powstaje dla każdego zamówienia, czy tylko z NIP, oraz czy aplikacja wysyła ją klientowi e-mailem.
4. Ustal serię numeracji – osobną dla sklepu, niezależną od faktur z innych kanałów.
5. Zbieraj NIP w koszyku albo w kasie.
6. Ustaw korekty. Zwrot w Shopify powinien tworzyć fakturę korygującą, bo faktury przesłanej do KSeF nie da się anulować.
7. Przetestuj cały proces. KSeF ma środowisko testowe. Sprawdź zamówienie dla firmy i dla konsumenta, zwrot, sprzedaż w euro i wizualizację faktury z kodem QR dla klienta. Automatyzacja fakturowania ma sens dopiero wtedy, gdy każdy z tych scenariuszy działa.
8. Uzgodnij z księgową, skąd będą przychodzić faktury i gdzie sprawdzi ich status w KSeF.

Faktury, korekty i paragony – na co uważać

• Zwroty i korekty. Sprawdź, czy aplikacja tworzy korektę automatycznie i co robi przy zwrocie części zamówienia. Niektóre integracje tworzą korektę tylko przy pełnym zwrocie.
• Waluty. Na fakturze w euro kwotę podatku VAT podaje się w złotych. Sprawdź, po jakim kursie przelicza ją aplikacja – Faktly robi to po kursie NBP.
• Sprzedaż za granicę. Faktury dla firm z zagranicy wystawiasz w KSeF i przekazujesz klientowi np. jako PDF z kodem QR. Faktury dla konsumentów z innych krajów UE są fakturami konsumenckimi, więc KSeF jest dla nich dobrowolny. Faktury w nieunijnej procedurze OSS i w procedurze IOSS nie trafiają do KSeF.
• Paragony. Sprzedaż stacjonarna przez Shopify POS i kasa fiskalna to osobny temat – paragony z NIP do 450 zł do końca 2026 r. mogą zostać poza KSeF. Zasady dla faktur, paragonów i innych dokumentów ustal z księgową.
• Odpowiedzialność. Nawet jeśli aplikacja obiecuje pełną zgodność z polskimi przepisami, za zgodność faktur z wymogami odpowiadasz Ty. Dokumentację sprzedaży, w tym PDF-y faktur, możesz pobierać i przechowywać w aplikacji albo w programie do faktur.
• Dwa systemy naraz. Jeśli faktury wystawia Base albo ERP, wyłącz automatyczne faktury w aplikacji w Shopify.
• Migracja sklepu. Przenosząc sklep z WooCommerce albo Shopera, sprawdź, czym wystawiałeś faktury i czy możesz zostać przy tym samym programie. Ustawiamy to w ramach każdej migracji sklepu na Shopify.

W sklepach naszych klientów faktury trafiają dziś do Fakturowni – bezpośrednio albo przez Base (jesteśmy partnerem Base) – i to Fakturownia wysyła je do KSeF. Inne programy do faktur łączymy ze sklepem aplikacją z Shopify App Store albo przez Base, a w większych firmach – przez integrację z systemem ERP. Zanim wybierzemy narzędzie, sprawdzamy, ile faktur wystawiasz, w ilu kanałach sprzedajesz i jak rozliczasz zwroty.

FAQ – fakturowanie w Shopify

Czy Shopify obsługuje polskie faktury VAT?

Sam Shopify nie wystawia faktur w KSeF. Dokument zamówienia wydrukujesz z panelu albo przez Order Printer, a klientom z UE udostępnisz fakturę VAT w PDF. Fakturę dla firmy, która musi trafić do KSeF, wystawisz przez aplikację, program do faktur albo Base.

Jak zintegrować Shopify z programem do fakturowania?

Zainstaluj w Shopify aplikację swojego programu – np. Fakturownia Integrator, inFakt • Integracja albo iFirma – i połącz ją z kontem w programie. Potem ustaw, kiedy ma się wystawić faktura z zamówienia, w jakiej serii numeracji i czy klient dostaje ją e-mailem. Wysyłkę do KSeF włączasz w aplikacji albo w programie do faktur.

Jak zautomatyzować wystawianie faktur w Shopify?

Ustaw w aplikacji automatyczne wystawianie dokumentu po opłaceniu albo realizacji zamówienia, korektę przy zwrocie i wysyłkę do KSeF. Zanim to włączysz, przetestuj kilka zamówień: dla firmy, dla konsumenta i ze zwrotem. Jeśli chcesz wystawić fakturę ręcznie, zrobisz to w aplikacji albo w programie do faktur.

Czy faktury dla konsumentów muszą trafiać do KSeF?

Nie. Faktury dla osób, które nie prowadzą firmy, możesz wystawiać w KSeF dobrowolnie. Jeśli to zrobisz, przekaż klientowi fakturę w uzgodniony sposób, z kodem QR.

Od kiedy KSeF dotyczy małego sklepu?

Faktury od dostawców odbierasz przez KSeF od 1 lutego 2026 r. Wystawiać faktury w KSeF musisz od 1 kwietnia 2026 r., chyba że faktury objęte obowiązkiem nie przekraczają 10 000 zł z VAT miesięcznie – wtedy do końca 2026 r. możesz wystawiać je poza systemem.

Czy BaseLinker wysyła faktury do KSeF?

Tak. Faktury wystawione w Base trafiają do KSeF od razu po utworzeniu, a Base prowadzi monitoring statusu każdego dokumentu. Integracja jest w cenie abonamentu, także w planie Freemium do 100 zamówień miesięcznie. Do włączenia potrzebujesz tokenu i certyfikatu KSeF.

Ile kosztuje aplikacja do faktur w Shopify?

Aplikacje mają plany darmowe do kilku faktur miesięcznie, a płatne zaczynają się od ok. 7–20 USD miesięcznie. Przy integracji z Fakturownią, inFaktem albo iFirmą dochodzi subskrypcja programu do faktur. Koszty aplikacji policzysz razem z planem sklepu w naszym kalkulatorze kosztów Shopify.

Czy tokeny KSeF przestaną działać?

Tak. Tokeny działają do 31 grudnia 2026 r. Od 2027 r. z KSeF łączysz się certyfikatem, więc sprawdź u dostawcy aplikacji albo programu do faktur, jak przejdzie na certyfikat.

Podsumowanie

Do KSeF potrzebujesz narzędzia poza Shopify: aplikacji, programu do faktur albo Base. Wybór zależy od tego, gdzie pracuje Twoja księgowość i w ilu kanałach sprzedajesz. Zanim włączysz wysyłkę do KSeF, ustaw numerację, korekty i zbieranie NIP, a potem przetestuj kilka zamówień.

Fakturowanie wdrażamy w ramach integracji Shopify – przez Fakturownię, Base albo system ERP. Jeśli nie wiesz, którą drogę wybrać, napisz do nas – doradzimy na bezpłatnej konsultacji.

Artykuł opisuje techniczną stronę fakturowania w Shopify (stan na październik 2026 r.). Obowiązki podatkowe w swojej firmie potwierdź z księgową lub doradcą podatkowym.